Совет является высшим органом управления ЕФСР, осуществляющим общее руководство его деятельностью и принимающим все ключевые решения. Членами Совета являются Министры финансов государств — участников ЕФСР

Решения Совета ЕФСР готовит Экспертный Совет, где государства-участники представлены на уровне директоров департаментов Министерств финансов. 

Проектный блок ЕФСР осуществляет подготовку и реализацию всех проектов ЕФСР в тесном сотрудничестве с другими департаментами Банка, государствами-участниками и другими международными институтами развития, а также выполняет функции Секретариата ЕФСР